A forrásfelhasználással kapcsolatban felmerült, hogy nem érvényesül kellően az esélyegyenlőség elve, ugyanis a tőkeerős, nagy pályázók sikeresebbek, mint a kisebbek, a tőkeszegények, akiknek az utófinanszírozásos támogatási rendszer is pénzügyi problémát okoz. Továbbá területileg sem kiegyensúlyozott az elosztás. Rendszeresen alábecsülik a lehetséges pályázók számát, és több mint ezer olyan pályázat van, ahol több mint egy éve nincs semmiféle eredmény, nem kötik meg a szerződést, nincs elszámolás és nincs semmiféle cselekvés az ügyben - tudjuk meg - Bajnai Gordon Nagytakarítás nevű akcióterve részben megoldás volt erre a problémára, de azóta újra növekedett a késedelmes pályázatok száma.
A tanácsadói hálózatok munkája nincs összehangolva - állapítja meg a vizsgálat -, bár a korábbi 4 helyett ma már csak 3 párhuzamosan működő, hasonló feladatot ellátó szervezet van. A pályázatok gyakori hiányosságai és formai hibái arra engednek következtetni, hogy a pályáztatás segítésére, az információk közvetítésére létrejött tanácsadók felkészületlenek sok esetben.
A Pólus program megbukott, nincsen támogatás, nincsenek szerződések, nincsenek felelősök. Több zászlóshajó program el sem indult. Ez veszteség, hiszen egyes összegek nem csoportosíthatóak át máshova - fogalmazza meg a Fidesz álláspontját Horváth Zsolt - Általános a bizonytalanság, a jelenlegi rendszer alkalmatlan a pályáztatások lefolytatására. Ésszerűsítésre van szükség: a párhuzamosan működő szervezetek helyett lehet, hogy egy is el tudná látni megfelelően a feladatokat, továbbá egy stabil struktúrát kell kialakítani. Az uniós támogatások elszámolási rendszerének nincsen törvényi háttere, ami ugyan nem elvárás az EU részéről, de fontosnak tartanánk egy ilyen szintű rendszer esetén. Vannak ugyan rendeletek, de átláthatatlan, követhetetlen a rendszer.
