A párharcok továbbjutói a legjobb 16 közé jutnak.
A 2011/2012. évi NB I 1-4. helyezettjei, az MKB Veszprém KC, a Pick Szeged, a Balatonfüredi KSE és a Csurgói KK a következő fordulóban csatlakoznak a Magyar Kupa 2012/2013. évi küzdelmeihez.
A férfi Magyar Kupa 3. fordulójának párosítása:
Gödöllői KC-Cegléd
Balassagyarmati Kábel SE-Orosháza
CLAAS-Törökszentmiklós-B.Braun Gyöngyös
Mezőkövesdi KC-SBS Eger Eszterházy SZSE
Békési FKC-Kőnig-Trade-Balmazújváros
Nyíregyháza Nyír Komplett-Kecskemét
Kalocsai KC-Tököl KSK
Tatai AC-Komlói BSK Tom Trans
SZESE Győr-Pécs
FTC KN Kft.-Váci KSE
Vecsés SE-Százhalombattai KE Grundfos
Tatabánya-FTC PLER Budapest
Hivatalos játéknap: 2012. november 7.
