Az első két körben az élvonalbeli és a másodosztályú csapatok még nem voltak érintettek, ezúttal azonban már ők is bekapcsolódnak a küzdelmekbe.
Az M4 Sporton közvetített hétfői sorsoláson az NB I-es csapatok kiemeltek voltak, így nem kerülhettek össze egymással. A párharcok egy mérkőzésen dőlnek el, amelyen minden esetben az alacsonyabban rangsorolt együttes a pályaválasztó. A forduló hivatalos játéknapja szeptember 16.
A sors úgy hozta, hogy az NB III címvédője, a Practical VSC az azonos osztályban szereplő Komáromot fogadja majd.
A bajnoki címvédő Ferencváros a megyei első osztályú Nagyecsed SE vendége lesz. Az egyik legpikánsabb párosítás az NB III-as Szentlőrinc SE és a másodosztályú BVSC-Zugló találkozója lesz, ugyanis az előző szezon végén az osztályozón éppen a fővárosiak búcsúztatták a másodosztálytól a baranyaiakat.
MOL Magyar Kupa, a 3. forduló párosításai:
III. Kerületi TVE (NB III)–DVTK
ESMTK (NB III)–Fehérvár FC
Soroksár SC (NB II)–Kecskeméti TE
Cigánd (NB III)–ZTE FC
Gesztely FC (megyei I.)–MTK Budapest
PMFC (NB II)–Újpest FC
Nagyecsed RSE (megyei I.)–Ferencvárosi TC
FC Ajka (NB II)–Mezőkövesd Zsóry FC
Mosonmagyaróvár (NB II)–Puskás Akadémia
BKV Előre (NB III)–Paksi FC
Pilisi LK (megyei I.)–Kisvárda
Eger SE (NB III)–DVSC
Budaörs (NB III)–BFC Siófok (NB II)
Dorogi FC (NB III)–Budapest Honvéd (NB II)
Bajai LC (megyei I.)–Szeged-Csanád GA (NB II)
Gödöllői SK (megyei I.)–FC Dunaföldvár (NB III)
Körösladányi MSK (NB III)–Gyirmót FC Győr (NB II)
Zsámbéki SK (megyei I.)–ETO FC Győr (NB II)
Szentlőrinc SE (NB III)–BVSC-Zugló (NB II)
Unione FC (BLSZ I.)–Csepel UFC (BLSZ I.)
Termálfürdő Tiszaújváros (NB III)–Nyíregyháza Spartacus FC (NB II)
Putnok FC (NB III)–Budafoki MTE (NB II)
Aqvital FC Csákvár (NB II)–Szombathelyi Haladás (NB II)
DEAC (NB III)–HR-Rent-Kozármisleny (NB II)
Tatabánya (NB III)–Szombathelyi MÁV Haladás VSE (NB III)
Bicskei TC (NB III)–Tiszakécskei LC (NB II)
Mezőörs KSE (megyei I.)–FC Nagykanizsa (NB III)
Békéscsaba 1912 Előre (NB III)–Kolorcity Kazincbarcika (NB II)
Practical VSC (NB III)–Komárom VSE (NB III)
Dunaharaszti MTK (megyei I.)–Vasas FC (NB II)
Kaposvári Rákóczi FC (NB III)–PTE-PEAC (NB III)
Kelen SC (NB III)–Majos (NB III)