A regény középpontjában Charlie Gordon áll, egy alacsony értelmi képességű férfi, akinek sorsa egy orvosi kísérlet révén gyökeresen megváltozik. A tudósok célja, hogy egy korábban, az Algernon nevű laboratóriumi egéren kipróbált eljárással mesterségesen növeljék az intelligenciaszintjét. Charlie előrehaladását saját naplóiból követjük, amelyeket „előrehaladási jelentés” címmel lát el, melyek nyelvezete és mélysége folyamatosan változik, tükrözve szellemi átalakulását. Ez a stilisztikai döntés olyan bravúros irodalmi megoldás, ami egyfajta élő szövetre hasonlít, hiszen a szavak szó szerint együtt változnak Charlie fejlődésével.
Az olvasó ezzel a rendkívüli narratív eszközzel testközelből éli át azt az utat, amely a szellemi sötétségből az értelmi ragyogásba, majd az elkerülhetetlen tragédiába vezet. A történet struktúrája szinte zeneműszerű, emelkedő témák, visszatérő motívumok és egy érzelmileg katartikus záróakkord határozzák meg a cselekményt. Keyes regénye úgy képes intellektuálisan lenyűgözni, hogy közben mély érzelmi bevonódást vált ki, ez pedig ritka kettősség, ami a legnagyobb irodalmi alkotások ismérve.
A regény társadalmi vetületei különösen fontosak. A Virágot Algernonnak igaz, hogy Charlie tragédiájáról szól, de közben a miénkről is, arról a társadaloméról, amely nem tud mit kezdeni a mássággal, legyen az értelmi fogyatékosság vagy zsenialitás. A tudás itt felszabadító eszköz helyett a társadalmi elszigetelődés forrása lesz. Amikor Charlie még „egyszerű”, a környezete gúnyos szeretettel vagy közömbös kegyetlenséggel bánik vele; amikor viszont zsenivé válik, intellektusa ijesztővé, érthetetlenné, sőt fenyegetővé válik mások számára. A könyv egyik legfontosabb állítása, hogy az empátia gyakran nem az értelmi szinttől, sokkal inkább az érzelmi intelligenciától és a társadalmi normáktól függ, és e téren mi, „átlagos” emberek is gyakran megbukunk.
Daniel Keyes a hidegháború és a rohamosan fejlődő tudomány korában írta meg ezt a regényt, amikor az emberi test és elme „tökéletesítése” újra és újra felmerült etikai kérdésként. A regény így társadalomtörténeti dokumentumként is értelmezhető, amely a hatvanas évek Amerikájának emberképét, szociológiai viszonyait és tudományos naivitását is tükrözi. De az idő nem fogott rajta, mert ma, amikor a mesterséges intelligencia, a genetikai beavatkozás és a neurológiai fejlesztések ismét középpontba kerültek, a regény aktualitása talán még erősebb, mint valaha.
Különösen fontos a könyv pedagógiai jelentősége is. A regényt évtizedek óta tanítják az angolszász világ középiskoláiban és egyetemein, nem véletlenül. Irodalmi értékei, etikai, pszichológiai és társadalmi kérdésfelvetései miatt is páratlan lehetőséget kínál a kritikus gondolkodás és az empátia fejlesztésére. Kevés mű képes ennyire érzékletesen bemutatni, mit jelent embernek lenni, a maga törékeny, esendő, mégis csodálatra méltó mivoltában.
A Virágot Algernonnak, nem olyan könyv, amit gyorsan le lehet darálni, majd másnapra már el is felejted. Ez a könyv utánad nyúl. Elkísér. Ott marad a gondolataidban, amikor másokkal beszélgetsz, amikor ítélkezel, amikor szeretni próbálsz. Keyes mondatai egyáltalán nem harsányak, de annál kitartóbbak, és a végén, amikor már sem Charlie, sem Algernon nem lehet ugyanaz, mint az elején volt, már te sem leszel az.
